卵巢癌患者基因检测解决方案

ESMO发行的Ⅲ期乳腺胃癌PAOLA-1研究者的采样不仅证实了PARP抑制剂（PARP inhibitor，PARPi）萨拉博拉联合贝伐珠抗病毒的方案可用于卵巢胃癌病人一线依靠疗法，两个预先指定的亚组比对[分别基于BRCAm比较稳定状态和同义重新组建局限性（homologous recombination deficiency，HRD）比较稳定状态]的乙型肝炎结果将一个稍许陌生的名词 “HRD”带入大家的十分重视区域内。为此，我们将通过阐明PARPi的抑制剂依赖于性机理，看BRCA基因序列与HRD的密切联系。相辅相成最新的针灸采样比对HRD相关检查的具体应用和针灸价值。程玺 教授，复旦大学附属医院生子科主任医师 教授，上海抗胃癌创会生子科校友会秘书长，无锡市医师创会生子科学医师校友会秘书长 ，无锡市医学会生子科专业特别秘书长会青年人秘书长，无锡市医学会涉外诊疗研究者会青年人秘书长，International生子科创会（IGCS）会员，Gynecologic Oncology， International Journal of Gynecologic Cance， Chemotherapy 等杂志审稿专家。1. 从BRCA1/2基因序列说到PARPi的依赖于性机理PARP是整修DNA单链破损的关键激酶，当PARP抑制剂抑制抑制PARP激酶介导的DNA单链破损整修必需时，未曾整修的DNA单链破损在DNA复制时将转化成为DNA双链断裂（double-strand breaks，DSBs）。DSBs则上会依赖于两个必需完成整修，1）同义重新组建（homologous recombination，HR）必需；2）非同义顶端整修必需。相较于后者，HR必需由于用到的是姐妹等位基因上对应的未曾破损序列作为模板完成精准复制，从而是一个微控制器的整修必需，DSBs可以高效正确地得到整修。位于17号等位基因的BRCA1基因序列和13号等位基因的BRCA2基因序列，它们编码的BRCA是HR必需当中的关键细胞之一，BRCA细胞新功能的遗漏会所致HR必需不能正常运行，其当中BRCA1/2凋亡则是造成了BRCA细胞新功能遗漏从而所致HR必需新功能损害的少用或许。BRCA1/2凋亡的肝细胞会完工非同义顶端整修该系统，这一必需是肝细胞面临紧急状况时采用的紧急状况措施，用到非同义DNA迅速地将DSBs整修，从而阻止进一步的伤害。这种极端的方式则，由于采用非同义DNA整修，所致大量的基因序列整修错误，损失不能得到正确地整修，错误不断地积累，终究所致肝细胞死亡。PARPi可通过这种协同受害依赖于性对BRCA基因序列局限性的卵巢胃癌病人发挥高效的抗胃癌依赖于性，我们将这样的依赖于性必要称为“协同受害”。PARPi在BRCA1/2凋亡病人当中的在多项研究者当中被证实。其当中造成了最大轰动的是SOLO1研究者，这是第一项赞誉PARPi（萨拉博拉）用于装载BRCA1/2凋亡的更早于卵巢胃癌含铝化疗后一线依靠疗法的随机、测试者、针灸实验折衷的International多当中心的大型Ⅲ期用药，其当中BRCA1/2凋亡作为研究者入组的规格之一发挥依赖于性了正确地配对病人的依赖于性。共计391实有更早于卵巢胃癌、输卵管胃癌和原发性腹膜胃癌病人按照2∶1的比率分别遵从萨拉博拉和针灸实验的疗法。遵从疗法3人口为人萨拉博拉组当中仍有60%的病人未曾发生疾病令人满意，针灸实验组当中的比率为26.9%（HR=0.30，95% Cl 0.23~0.41）。当中位随访41个同月时，萨拉博拉组仍有大约一半的病人未曾复发，相关比对预期当中位无令人满意生存期（PFS）相比针灸实验组该线36个同月。2.从BRCA基因序列到HRD的跨越早于在1990s就挖掘借助于BRCA与内分泌乳腺胃癌和卵巢胃癌的家族胃癌风险相关，之后的10多年的研究者更有确立了BRCA在肝线粒体更进一步当中对于公共安全等位基因的本体和比较稳定性的不可忽视依赖于性。起初我们用HRD来描述具有BRCA1/2基因序列凋亡的病人展现借助于的不能通过正确地的HR闭环来整修DSBs的比较稳定状态。然而随着研究者的深入我们挖掘借助于HR闭环当中其他基因序列的凋亡、表观遗传学的改变乃至一些现有不能确定的机理除此大部份会所致HRD，发挥作用HRD的肝细胞将不能正常整修DNA的破损，终究展现为基因序列组本体和数量的不比较稳定。2019年在ESMO党代表大会上借助于炉的Ⅲ期乳腺胃癌PAOLA-1的研究者结果结果显示，一线选用贝伐珠抗病毒完成依靠疗法加用萨拉博拉将显着改善更早于卵巢胃癌病人（ITT老年人）的PFS（HR 0.59，95% CI 0.49~0.72）。预先指定的亚组比对结果显示在组织BRCA凋亡（HR 0.31，95% CI 0.20~0.47）和HRD乙型肝炎（HR 0.33，95% CI 0.25~0.45）两个亚组当中较之于贝伐珠抗病毒单药依靠疗法，贝伐珠抗病毒联合萨拉博拉组的老年人PFS获益更显著。此外，老年人采样的比对结果显示在806名受试者当中HRD乙型肝炎（PALOLA-1用到的是 Myriad子公司的基因序列瘢痕检查试剂盒My Choice HRD test，HRD积分大于42看来是HRD乙型肝炎）的病人有387实有（占总老年人48%），其当中组织BRCA1/2为凋亡（tBRCAm）的病人有235实有（占总老年人29%），HRD乙型肝炎的非组织BRCA1/2凋亡（non-tBRCAm）的病人有152实有（占总老年人19%）。即通过检查HRD所致的基因序列不比较稳定性可合理预期额外约20%的病人，从PARPi当中显着获益的病人可从20%的BRCAm老年人到50%的HRD老年人。同期发行的另一项Ⅲ期随机、测试者、针灸实验折衷乳腺胃癌PRIMA的研究者结果除此大部份归入了针对HRD亚组的比对。通过Myraid子公司的My Choice HRD test判断病人发挥作用HRD的卵巢胃癌老年人当中，装载BRCA1/2凋亡的病人遵从尼拉博拉的当中位PFS为22.1个同月，用到针灸实验的老年人当中位PFS为10.9个同月（HR 0.40，95% CI 0.27~0.62）。BRCA1/2未曾发生凋亡的HRD病人遵从尼拉博拉疗法的PFS为19.6个同月，针灸实验组为8.2个同月（HR 0.50，95% CI 0.31~0.83）。与PAOLA-1老年人比对结果基本一致，PRIMA研究者终究入组的733实有病人计373实有（50.9%）病人发挥作用HRD。3. 比对同义重新组建整修局限性的生物标记物BRCA1/2基因序列的凋亡以及病人对铝镇静剂的依赖于性可成功预期PARPi疗法恰当的老年人。此外，还可比对HR闭环当中相关基因序列的凋亡构建预期PARPi的目的。2019年ASCO上发行的Ⅱ期乳腺胃癌TOPARP-B的研究者采样提示HR闭环当中除BRCA1/2大部份，几个关键基因序列如ATM、CDK12和PALB2除此大部份可不同往往预期转移性多时会抵抗型胃癌（mCRPC）病人对PARPi的先导。2019年ESMO上借助于炉的Ⅲ期乳腺胃癌PROfound研究者采样结果显示装载BRCA1/2或ATM凋亡的mCRPC病人，PARPi萨拉博拉与恩杂鲁胺或阿比特龙相比，主要研究者站起影像学无令人满意生存期显着改善（HR 0.34，95% CI 0.25~0.47）。同时，各类型基因序列凋亡的比对当中，结果显示BRCA1/2、ATM、CHK12、CHEK2、RAD51B和RAD54L等基因序列都意味著与萨拉博拉该线PFS的相关。有研究者结果显示，通过检查同义重新组建信号闭环当中各相关基因序列的凋亡，可检查借助于大约30%的胚系同义重新组建基因序列凋亡（HRRm）。上述提到的通过检查上游基因序列凋亡或者观察病人对铝镇静剂的恰当度来判断病人是否发挥作用HRD大部份，另一种被称作基因序列瘢痕检查的方法可用于比对HRD所致基因序列不比较稳定的情况严重往往来预期病人对PARPi的。基因序列瘢痕检查主要有数三种方法学：微阵列比较基因序列组杂交（array-based comparative genomic hybridization，aCGH），基于单核苷酸多态性的测序比对，以及基于凋亡相似性的测序比对（mutational signatures）。现有应用于用药的两种基因序列瘢痕检查试剂盒（myChoice HRD和FoundationFocus）之外为通过基于单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）的测序比对。Myraid子公司的myChoice HRD和Foundation子公司的FoundationFocusCDxBRCALOH之外是通过量化基因序列组当中的等位基因间歇性来对基因序列组的不比较稳定往往完成比对，差异在于各自的算法。Myraid子公司的myChoice HRD通过比对等位基因的3种间歇性——端粒的变异序列不平衡（telomeric allelic imbalance，TAI）、杂合性遗失（loss of heterozygosity，LOH）以及广袤段迁移（large-scale transition，LST），量化LOH、TAI、LST三个高效率在采样当中借助于现的数量，≥42分定义为HRD乙型肝炎。Foundation子公司的FoundationFocusCDxBRCALOH则是通过比对等位基因杂合性遗失占整个基因序列组的比率，≥16% LOH 定义为HRD乙型肝炎。需要认为的是无论是Myraid还是Foundation，上述提到各自的基因序列瘢痕量化结果之外会相辅相成BRCA1/2基因序列的凋亡比较稳定状态，终究得借助于结论针对HRD比较稳定状态的比对。另外我们只能十分重视到即便用到基因序列瘢痕检查来比对基因序列组的比较稳定状态也并非能够完全预期病人对于PARPi的依赖于性。有关BRCA1/2的回复凋亡或者二次凋亡则重申了采样的时效性对于指导预期抑制剂的不可忽视意义。有研究者引述所有发生铝脑膜炎卵巢胃癌病人有接近一半的比率是由于在遵从铝镇静剂疗法的更进一步当中借助于现了BRCA新功能的恢复。因此对首次取样的组织完成基因序列瘢痕检查的结果不能代表当前病人体内的比较稳定状态。4. 总结通过BRCA1/2基因序列的凋亡或判断病人对于铝镇静剂恰当来预期PARPi的依旧是现有针灸上最为行之合理的手段。我们也只能十分重视最新用药采样的建构，通过HRR凋亡检查和基因序列瘢痕检查来底物HRD比较稳定状态可合理预期卵巢胃癌病人用到PARPi的。现有国内尚无经验证可合理预期PARPi的基因序列瘢痕检查试剂盒，但是相应的产品正在紧锣密鼓地开发设计当中，有基于SNP完成测序比对来构建对HRD的比对，也有尝试通过以凋亡相似性的测序比对为突破口。只能认为无论用到何种方法学来构建HRD检查，终究也就是说会漫长严格其设计的回顾性和/或革命性用药的验证。在回头采样的途当中，我们并非只能充当视而不见，探究诸如HRRm对于预期PARPi的依赖于性除此大部份会有助于我们更高地解释HRD与PARPi的关系。